ՀՀ վարչապետ Կարեն Կարապետյանի որոշմամբ Աշոտ Մարգարյանը նշանակվել է ՀՀ աշխատանքի և սոցիալական հարցերի նախարարի տեղակալ: «Արմենպրես»-ի հաղորդմամբ, այդ մասին Կարեն Կարապետյանի որոշումը տեղադրված է կառավարության e-gov.am կայքում:
2014-2016թթ. Մարգարյանը զբաղեցրել է Լեռնային Ղարաբաղի Հանրապետության վարչապետի օգնականի, իսկ 2016թ. հոկտեմբերի 18-ից՝ ՀՀ վարչապետի օգնականի պաշտոնները: